Naiskodukaitset juhib esinaine koos viieliikmelise juhatusega. Naiskodukaitse esinaine allub kaitseliidu ülemale. Üle-Eestilise organisatsioonina jaguneb naiskodukaitse viieteistkümneks ringkonnaks, mida juhivad ringkondade esinaised koos kolmeliikmeliste juhatustega. Naiskodukaitse tööd korraldatakse põhikirja alusel.